Территория, на которой расположена Хакасия, входит в Саяно-Алтайскую горную систему и характеризуется перемежением высоких горных хребтов с межгорными впадинами, полупустынь и высокогорных альпийских лугов и тундр. Она включает в себя часть Минусинской котловины, западную часть северного макросклона Западного Саяна и восточную часть Кузнецкого нагорья (Абаканский хребет и Кузнецкий Алатау). От Енисея до Кузнецкого Алатау тянется Батеневский кряж, левобережный отрог Беллыкского нагорья, относящегося к горной системе Восточного Саяна.

Вершины Кузнецкого Алатау достигают 1700-2000 метров. Высшая точка - гора Верхний Зуб (или Поднебесный) - 2178 метров. Саянский хребет находится на высоте 2500 метров над уровнем моря. Самая высокая его вершина - гора Каратош (2930 метров).

Гидрография представлена речными системами, озерами и искусственными водохранилищами, но сеть ее неравномерна. Больше всего водных ресурсов в горной части республики, значительно меньше в пределах степной зоны Минусинской котловины. Все реки берут начало в горах, где имеют узкие долины, каменистое дно, быстрое течение, множество перекатов и порогов. При выходе из гор реки становятся спокойными, долины их расширяются, русла разбиваются на множество рукавов.

Главная река Хакасии - Енисей. Долина его пересекает Западный Саян под прямым углом. В то время, когда горы поднимались, река промывала в них русло, не меняя своего направления. Так возник глубокий Саянский каньон, поражающий своей живописностью и величием.
Вторая по величине река Хакасии - Абакан. Она берет начало высоко в горах в районе стыка Западного Саяна с Абаканским хребтом и течет на северо-восток. На самом Абаканском хребте находятся истоки реки Томь.
В целом в Хакасии насчитывается 320 малых рек длиной более 10 километров. А их общая длина составляет 8,5 тысяч километров. Реки южной части Хакасии в своем большинстве принадлежат бассейну реки Енисей, а северной и северо-западной - бассейну Оби.

На территории республики насчитывают около 500 озер (390 пресных и 110 соленых). Самые известные из них - Шира, Белё, Тус, Иткуль. Озеро Ханкуль соседствует с одноименным минеральным источником. На этих озерах отдыхает около 5 тысяч человек в год!
Животный мир Хакасии включает в себя 76 видов млекопитающих, 317 видов птиц и представляет большой интерес для зоологов числом беспозвоночных животных, которое невозможно назвать даже приблизительно. Здесь обитают и такие редкие животные, как красный волк, снежный барс, архар, занесенные в Красную Книгу России.

Из всего многообразия птиц 40 видов занесено в Красную книгу Российской Федерации. 28 из них - глобально редкие для Европы и Азии, 202 вида включены в список Международной конвенции, заключенной между правительствами СССР и Индии об охране перелетных птиц, а 62 вида внесены в Международную конвенцию по торговле видами дикой фауны и флоры, находящимися под угрозой исчезновения (CITES).

Рыб насчитывается 37 видов, 11 из которых были завезены и акклиматизировались. Среди них есть и такие ценные, как хариус, таймень, ленок, осетр сибирский, стерлядь, тугун, сиг-валек, сиг-пыжьян. Встречаются даже нельма и судак.

Растительность же насчитывает более 1526 видов высших растений, из них 85 видов являются эндемиками Алтае-Саянской горной страны и 28 -
эндемиками хакасских степей. Около 300 видов являются лекарственным и техническим сырьем. Кроме того, гордостью жителей является обилие ягод (черника, брусника, калина, рябина, малина, смородина, жимолость, земляника, клубника) и грибов. Весной на лугах и степях наступает пора цветения, поражающая постоянной сменой цветовой гаммы.

Природа республики, многообразная, удивляющая рельефом, сияющая снегами зимой и контрастными красками летом, уникальна. Хакасия - одно из редчайших явлений, ведь ее ландшафты сформированы археологическими памятниками. Степные пейзажи дополнены могильными курганами и менгирами (одиноко стоящими каменными стелами), а многие горные вершины и скальные хребты хранят на себе следы многовековой деятельности человека.